Mestské múzeum v Pezinku sa nachádza v priestoroch renesančnej radnice, ktorú dal magistrát vybudovať po povýšení Pezinka na slobodné kráľovské mesto (1647). Samospráva daná privilégiami si vyžadovala radnú a súdnu sieň, administratívne priestory pre notára a pisára, priestory pre uloženie archívu, predpísaných mier a váh, žalár pre väzňov a vyšetrovaných alebo odsúdených, rôzne hospodárske priestory (napr. kočiareň) a pod.
Radnica mala zároveň reprezentovať mesto, byť jeho symbolom a preto si zaslúžila stáť na najvýznamnejšom mestskom priestore, na námestí. Uprostred zastavaného námestia však radní nemohli nechať postaviť novú budovu, preto zvolili inú formu, prestavbu už stojacich domov.
Na stavbu novej reprezentačnej budovy boli využité dva meštianske domy na Trhovej ulici (dnes M. R. Štefánia) a pri mestskom potoku sa nachádzajúci mestský kúpeľ. Jednou zo spomínaných budov bol tzv.Weltzov dom, ktorý stál v juhovýchodnom nároží dnešnej budovy radnice a mal podobu dvojpodlažnej kamennej stavby s rovným stropom, siahajúcim do výšky cca dnešných horných ukončení okien. V druhej stavebnej etape (okolo r.1619) boli jeho miestnosti zaklenuté valenou klenbou. V tom čase bola pravdepodobne k nárožiu pristavaná arkierová veža.
Druhým objektom, zapracovaným do novovznikajúcej radnice bol dom susediaci s Weltzovým domom. Prame-ne z roku 1601 uvádzajú ako majiteľa Klementa Hessa. Išlo o dvojpodlažný kamenný dom, ktorý zahŕňal prie-story vpravo od brány na Štefánikovej ulici a miestnosti nad nimi. K budove patrilo prízemné hospodárske kríd-lo, končiace v priestoroch dnešnej kaviarne.
Medzi oboma dvojpodlažnými objektmi existoval prejazd, ktorý bol situovaný trochu vyššie ako dnešný a do ulice vyúsťoval polkruhovým portálom.
Tretím historicky doloženým objektom, ktorý radnica ukrýva, je pôvodne jednopodlažná kamenná budova - pravdepodobne hospodárske krídlo, neskôr adaptované pre potreby mestského kúpeľa. Budova končila pred bránou do súčasného prejazdu na Potočnej ulici. Vstup z Potočnej ulice bol v tom čase situovaný hlbšie v dnešnom prejazde, čo dokladá široký bránový otvor so zachovanými okopníkovými kameňmi.
Všetky obytné objekty aj s prístavbami boli v čase radikálnej prestavby v rokoch 1654 – 1657 pre účely radnice prebudované do štvorkrídlovej dispozície. K juhozápadnému nárožiu bola pristavaná arkierová veža, podobná veži v juhovýchodnom nároží. Prestavaná radnica bola nanovo omietnutá a vyzdobená ornamentmi čiernou linkou po okolí okien. Preomietnutá bola aj staršia juhovýchodná arkierová veža, na povrchu ktorej sa tiež za-chovala výmaľba tvorená čiernymi a tmavošedými linkami vyobrazujúca figurálne motívy doplnené ornamenti-kou. Nad okná boli aplikované rímsy. Nad nimi bol odkrytý latinský nápis prebiehajúci cez uličné fasády celej budovy. Okná mali v čase tejto prestavby menšie rozmery, na fasádach boli po obvode zdobené pásovými tmavošedými bordúrami. Horné poschodia boli rovno zastropené. V rámci nadstavby južného krídla bola vybu-dovaná arkádová chodba na poschodí, zo strany nádvoria. Pod arkádovou chodbou boli vybudované hospo-dárske priestory – chlievy pre dobytok. Miestnosti na prízemí boli zaklenuté hrebienkovou klenbou, podlaha bola pokrytá tehlovou dlažbou. Do súčasnej pozície bol prebudovaný východný prejazd s oblúkovým portálom. Severné krídlo arkádu pôvodne nemalo, bola pristavaná až v 18. storočí.
V novej radnici boli na prízemí južného krídla obchody, lekáreň, byt mestského sluhu, väznica, mučiareň a na poschodí boli úradné miestnosti so súdnou sieňou.
Na konci 18. storočia, pravdepodobne po požiari v roku 1784, boli zaklenuté miestnosti na poschodí. Na klenbe súdnej siene boli vytvorené zrkadlá s plastickými štukovými rámami. Pôvodná výmaľba v zrkadlách nebola reštaurátorsky odkrytá, našli sa len zvyšky maľovaného ornamentu. Súčasné maľby sú výsledkom úprav v r. 1940 - 1941 a ich autorom je Augustín Barta ml.
Posledná prestavba radnice je datovaná rokom 1834, po požiari v roku 1832. Vo východnom krídle bola do dnešnej podoby pretvorená vstupná brána. V 80. rokoch 19. storočia, po zbúraní mestských brán, boli do ník nárožných veží osadené kamenné reliéfy, pôvodne zdobiace Modranskú a Bratislavskú bránu.
V blízkosti novej radnice stála (aspoň istú dobu) aj budova radnice starej. Nachádzala sa na druhej strane po-toka, na mieste, kde dnes stojí dolný kostol. Vyplýva to z urbára z roku 1601, v ktorom sa na Bratislavskej ulici medzi domami Juraja Wintera a Jána Langa uvádza "das Rath oder Gemeinhaus". (dom Jána Langa bol okra-jový, stál na námestí, v urbári sa po ňom uvádza "das Ekhaus zum Schloss gehorig", ktorý je totožný s krušičov-ským domom, situovaným na protiľahlej strane námestia.) Na radnici bola väznica a mučiareň (schwarz Stu-ben). V decembri 1654 sa v nej robili opravy. V účte Juraja Horlandera (obchodníka so železiarskym tovarom – hosp.účty z r.1662) sa označuje ako "alt Rathaus". Budova starej radnice stála ešte aj v roku 1687 a ppd. aj v roku 1702.